關于再生資源經(jīng)濟的微觀基礎和運行機制，為避免發(fā)生歧義，這里進行界定，主要指再生資源經(jīng)濟中資源配置方式的變化、微觀主體的塑造、微觀主體之間的經(jīng)濟關系和利益互動、經(jīng)濟組織形態(tài)、經(jīng)濟行為方式和經(jīng)濟活動規(guī)則（制度）的變化。由于鮮明的生態(tài)化導向，它與整個經(jīng)濟系統(tǒng)純粹的價值循環(huán)過程中的微觀基礎是不同的；由于固有的經(jīng)濟利益訴求，它與生態(tài)系統(tǒng)的物質（能量）循環(huán)中的微觀基礎不同。另外，也與再生資源經(jīng)濟系統(tǒng)中層次上的微觀循環(huán)不同。這種微觀循環(huán)是物理意義上的劃分，是技術層面的課題。再生資源經(jīng)濟的經(jīng)濟邏輯在微觀領域如何體現(xiàn)，這是當前經(jīng)濟學理論研究的事情。

再生資源經(jīng)濟的理論是對經(jīng)濟運行調節(jié)時間和方式的變革，即強調事前調節(jié)和事后調節(jié)的統(tǒng)一，這種變革的關鍵在于找到其微觀基礎和經(jīng)濟邏輯。可以從三個方面來進行：一是對再生資源經(jīng)濟的產(chǎn)業(yè)模式和經(jīng)濟形態(tài)的界定；二是探討經(jīng)濟調節(jié)方式的實現(xiàn)形式；三是對再生資源經(jīng)濟中微觀主體（包括個體和組織）的經(jīng)濟行為、經(jīng)濟關系進行研究。從經(jīng)濟循環(huán)到再生資源經(jīng)濟，不是簡單地理解為經(jīng)濟活動的形態(tài)發(fā)生轉變，根本性的應是經(jīng)濟運行機制的轉換，而經(jīng)濟運行機制的轉換是以微觀經(jīng)濟主體行為（包括約束條件、決策目標、均衡狀態(tài)）的變化、微觀基礎（經(jīng)濟主體之間的利益關系調整、經(jīng)濟組織形態(tài)的變化）、經(jīng)濟運行條件（經(jīng)濟體制、產(chǎn)權、非正式規(guī)則）、產(chǎn)業(yè)技術支撐等為條件，實現(xiàn)經(jīng)濟系統(tǒng)調節(jié)方式的創(chuàng)新、治理機制的演化，從而形成更具資源生產(chǎn)率的經(jīng)濟體系。這些將構成經(jīng)濟增長方式轉變的基礎和關鍵。